Филогенетика, эволюция и филогеография Bacillus anthracis

Автор / Мед учреждения

Е.И.Еременко / ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

С.В.Писаренко / ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

Л.Ю.Аксенова / ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

А.Г.Рязанова / ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

А.М.Жиров / ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

О.В.Семенова / ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

О.В.Бобрышева / ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

Ковалев Дмитрий Анатольевич / ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

А.Н.Куличенко / ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация
Цель. Эволюционный и филогеографический анализ штаммов Bacillus anthracis, выделенных на территории России и некоторых сопредельных стран.

Материалы и методы. Полные геномные последовательности 20 секвенированных в Ставропольском противочумном институте штаммов и 161 штамма, полученных из GenBank. Множественное выравнивание геномов 181 штамма B. anthracis и поиск SNP в коровом геноме провели с помощью программы REALPHY 1.10. Для байесовского MCMC филогенетического анализа молекулярных последовательностей и модели General Time Reversible (GTR) использовали программный пакет BEAST. Оценку результатов анализа и статистической достоверности выполнили в программе Tracer v1.6. Визуализацию полученных результатов провели в программах Figtree v1.4 (филогенетическое дерево) и Photoshop CC.

Результаты. Подтверждено высокое молекулярное разнообразие штаммов, выделенных на территории России и ряда сопредельных стран. В филогенетической структуре глобальной популяции B. anthracis эти штаммы относятся к трансевразийской группе, субкладе Aust94 основной клады A и составляют кластер в основной кладе B. Хронология формирования главных филогенетических линий возбудителя сибирской язвы позволяет впервые постулировать предположение о происхождении и распространении B. anthracis с территории азиатской части России.

Заключение. Предполагается в дальнейшем определить региональные генетические маркеры, анализ которых в сопоставлении с соответствующей базой данных даст возможность в ходе эпидемиологического расследования установить происхождение штаммов, вызвавших вспышку сибирской язвы. 

Ключевые слова: Bacillus anthracis, филогенетическая структура, филогеография, эволюция.

Для цитирования: Еременко Е.И., Писаренко С.В., Аксенова Л.Ю., Рязанова А.Г., Жиров А.М., Семенова О.В., Бобрышева О.В., Ковалев Д.А., Куличенко А.Н. Филогенетика, эволюция и филогеография Bacillus anthracis. Бактериология. 2018; 3(2): 57–63.
DOI: 10.20953/2500-1027-2018-2-57-63
Читать статью

Яндекс.Метрика